A convivência entre pescadores artesanais e o boto-cinza no litoral fluminense sempre foi harmônica. Contudo, a instalação de grandes empreendimentos na Baia de Sepetiba, a partir de 2010, sem licenciamento criterioso, criou áreas de exclusão e fez com que a pesca artesanal entrasse em conflito com a espécie. A espécie é uma das menores do gênero existentes no Brasil e pode ser encontrado desde o Amapá até Santa Catarina. Ameaçada de extinção, ela pode desaparecer em até 10 anos na Baía de Sepetiba.
O Ministério Público Federal (MPF) em Angra dos Reis (RJ) instaurou inquérito civil público para apurar a execução de um convênio (n° 4600012708) e de um Termo de Ajustamento de Conduta celebrados entre Transpetro, Associação Cultural e de Pesquisa Noel e o Instituto Estadual do Ambiente (Inea) para execução do programa de conservação dos botos-cinza (sotalia guianensis) e outros cetáceos das baías de Ilha Grande e de Sepetiba.
A atuação do MPF para preservação da vida marítima na região já resultou no ingresso de 15 ações civis públicas contra 31 pessoas por pesca irregular industrial. A atuação foi possível porque o Ibama lavrou 109 autos de infração contra 32 barcos, por infrações ambientais. A atuação focou na pesca industrial irregular que ingressa na Baía para capturar isca-viva. A atividade se dá por meio da utilização de uma extensa rede retangular, chamada rede de cerco, cujo movimento envolvente realizado por botes auxiliares cerca o cardume e, por meio de mecanismos próprios, se fecha em torno deste para capturar da espécie desejada.
As ações do MPF demonstraram que a pesca industrial irregular é sobreposta à maior concentração de botos-cinza do mundo, retirando-lhe o seu principal alimento: a sardinha e a corvina. Além disso, os atos criminosos prejudicam a comunidade tradicional pesqueira local.
O convênio firmado busca a execução do programa de conservação dos botos-cinzas e outros cetáceos das baías de Ilha Grande e de Sepetiba, com a interveniência da Universidade Estadual do Rio de Janeiro (UERJ). O Programa de Conservação de Cetáceos faz parte do TAC (n°02/2016) celebrado em 2016.
Nesse sentido, o MPF lançou a campanha Salve o Boto, que foca na importância do trabalho conjunto dos órgãos de fiscalização para a proteção do boto-cinza. O Grupo de Fiscalização na Baía de Sepetiba é formado por representantes do Instituto Estadual do Ambiente (Inea), da Polícia Federal e do Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Hídricos (Ibama).